La rémunération d'un agent public en arrêt maladie dépend de son statut, du type de congé et de ses arrêts antérieurs. Depuis le 1er mars 2025, le congé de maladie ordinaire d'un fonctionnaire est rémunéré à 90 % du traitement indiciaire pendant trois mois, puis à 50 % pendant neuf mois, après application d'un jour de carence. Le décompte s'effectue sur les 365 jours glissants précédents, ce qui accélère souvent le passage à demi-traitement. Les pourcentages ne portent que sur le traitement indiciaire : l'indemnité de résidence et le supplément familial sont maintenus intégralement, tandis que les primes suivent des règles variables, fixées par délibération dans la territoriale. Pour les arrêts longs, le congé de longue maladie, le congé de longue durée et surtout le CITIS, qui maintient l'intégralité du traitement sans limite de durée, restent hors du champ de la réforme — un placement rétroactif ouvre d'ailleurs droit à un rappel de 10 %. Les contractuels relèvent d'un régime distinct et bien plus court, d'un à trois mois de maintien selon l'ancienneté, dont les indemnités journalières sont déduites.
Fonctionnaire en arrêt maladie : combien vais-je toucher ?
L’essentiel en 30 secondes
Non, un fonctionnaire n’est pas payé à 100 % en arrêt maladie. Depuis le 1er mars 2025, le congé de maladie ordinaire est rémunéré à 90 % du traitement indiciaire pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois — avec un jour de carence non rémunéré.
| Congé | Durée maximale | Traitement indiciaire |
|---|---|---|
| Maladie ordinaire | 1 an sur 12 mois | 90 % 3 mois, puis 50 % |
| Longue maladie (CLM) | 3 ans | 100 % 1 an, puis 50 % |
| Longue durée (CLD) | 5 ans | 100 % 3 ans, puis 50 % |
| CITIS (accident de service) | Aucune | 100 % intégral |
Deux pièges à connaître : le décompte se fait sur les 365 jours glissants précédents, ce qui fait basculer plus vite à demi-traitement qu’on ne le croit ; et le calcul porte sur le traitement indiciaire, pas sur votre rémunération complète.
1. Traitement indiciaire n’est pas rémunération
C’est la première source de malentendu. Votre paie habituelle se compose du traitement indiciaire, mais aussi de l’indemnité de résidence, du supplément familial de traitement, de la nouvelle bonification indiciaire et de vos primes.
Les pourcentages annoncés — 90 %, 50 %, 100 % — ne s’appliquent qu’au traitement indiciaire. Le reste suit des règles propres, détaillées au point 5.
Un agent qui perçoit 2 000 € de traitement et 400 € de primes ne perd donc pas 10 % de 2 400 €, mais quelque chose de plus complexe — et souvent de plus défavorable.
2. La réforme du 1er mars 2025
C’est le changement majeur, et beaucoup d’agents l’ignorent encore.
L’article 189 de la loi de finances pour 2025 du 14 février 2025, complété par le décret n° 2025-197 du 27 février 2025, a ramené la rémunération du congé de maladie ordinaire de 100 % à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois. Les neuf mois suivants restent à 50 %.
Elle s’applique aux congés accordés à compter du 1er mars 2025, y compris aux prolongations décidées après cette date.
[UNE PRÉCISION QUI PEUT VOUS RAPPORTER 10 %] La réforme ne concerne que le congé de maladie ordinaire. Le congé de longue maladie, le congé de longue durée, le congé de grave maladie et le CITIS n’ont pas été touchés.
Conséquence directe : si vous êtes placé rétroactivement en CLM, CLD ou CITIS après avoir été en maladie ordinaire, vous avez droit à un rappel de traitement de 10 % sur la période concernée. Pensez à le réclamer.
La réduction touche aussi les éléments qui suivent le sort du traitement : nouvelle bonification indiciaire, complément de traitement indiciaire, indemnité compensatrice de la hausse de la CSG.
3. Le jour de carence, et quand il ne s’applique pas
Chaque arrêt de maladie ordinaire comporte un jour de carence non rémunéré. Subtilité : il est décompté comme s’il s’agissait d’un jour rémunéré à 90 %, donc il consomme vos droits.
Il ne s’applique pas :
- lors d’un deuxième arrêt pour la même affection si vous avez repris moins de 48 heures entre les deux ;
- aux arrêts successifs liés à une même affection de longue durée, après le premier, pendant trois ans ;
- en congé de longue maladie, de longue durée, en CITIS et en congé maternité.
Si un jour de carence vous a été appliqué dans l’un de ces cas, demandez la régularisation par écrit.
4. Le décompte glissant : la vraie mauvaise surprise
C’est le point qui piège le plus d’agents.
L’administration ne compte pas vos jours d’arrêt depuis le 1er janvier, ni depuis le début de votre arrêt en cours. Elle regarde les 365 jours précédents.
EXEMPLE. Vous vous arrêtez le 20 mars. Vous pensez disposer de trois mois à 90 %. Mais vous avez déjà eu 60 jours d’arrêt depuis le 21 mars de l’année précédente : il ne vous reste que 30 jours à 90 %. Vous basculez à demi-traitement dès le 19 avril.
Le réflexe : avant même de vous inquiéter de votre paie, demandez à votre service le décompte des jours déjà consommés sur la période de référence. C’est cette information, et elle seule, qui vous dit quand vous passerez à 50 %.
5. Primes, NBI, indemnité de résidence, supplément familial
C’est souvent d’ici que vient l’essentiel de la perte.
| Élément | En maladie ordinaire |
|---|---|
| Indemnité de résidence | Maintenue à 100 % |
| Supplément familial de traitement | Maintenu à 100 % |
| NBI | Suit le traitement : 90 %, puis 50 % |
| Primes, fonction publique d’État | 90 %, puis 50 % |
| Primes, territoriale | Selon la délibération de la collectivité |
| Primes, hospitalière | Indemnité de sujétion : 90 %, puis 50 % |
Si vous êtes territorial, demandez la délibération applicable au régime indemnitaire en cas de maladie : c’est elle qui décide, et elle varie fortement d’une collectivité à l’autre. Certaines maintiennent les primes intégralement, d’autres les suspendent dès le premier jour.
6. CLM, CLD, CITIS : quand basculer change tout
Le congé de longue maladie vise les maladies invalidantes nécessitant un traitement prolongé. Jusqu’à trois ans, accordé par périodes de trois à six mois : traitement intégral la première année, puis demi-traitement les deux suivantes. Un nouveau CLM suppose d’avoir repris ses fonctions au moins un an.
Le congé de longue durée ne concerne que certaines affections limitativement énumérées — affection cancéreuse, déficit immunitaire grave et acquis, maladie mentale, tuberculose, poliomyélite. Jusqu’à cinq ans : traitement intégral trois ans, puis demi-traitement deux ans. En revanche, la NBI cesse d’être versée.
Le CITIS — congé pour invalidité temporaire imputable au service — s’applique en cas d’accident de service, d’accident de trajet ou de maladie professionnelle. C’est de loin le plus favorable : traitement indiciaire intégral, sans durée maximale, jusqu’à la reprise ou la retraite pour invalidité, avec prise en charge des frais médicaux liés.
Le calcul à faire. Si votre pathologie peut relever d’un CLM, d’un CLD ou d’un CITIS, engagez la demande sans attendre l’épuisement de vos droits à maladie ordinaire. Le placement rétroactif reste possible et ouvre un rappel de traitement, mais mieux vaut ne pas passer six mois à demi-traitement en attendant.
7. Les contractuels : un régime bien plus court
C’est là que la fiche se corrige le plus souvent : les contractuels ne bénéficient pas de trois mois à 90 %. Leur maintien dépend de leur ancienneté, et il est nettement plus bref.
| Ancienneté de services | Maintien par l’administration |
|---|---|
| Après 4 mois | 1 mois à 90 %, puis 1 mois à 50 % |
| Après 2 ans | 2 mois à 90 %, puis 2 mois à 50 % |
| Après 3 ans | 3 mois à 90 %, puis 3 mois à 50 % |
Trois précisions décisives :
- les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont déduites de ce que verse l’administration ; elles ne s’y ajoutent pas ;
- moins de 4 mois d’ancienneté : aucun maintien. L’agent est placé en congé de maladie non rémunéré, jusqu’à un an, et ne perçoit que les indemnités journalières s’il y a droit ;
- une fois le maintien épuisé, il ne reste que les indemnités journalières, avec leur propre carence de trois jours.
Le congé de grave maladie, équivalent du CLM pour les contractuels, peut durer trois ans : traitement intégral la première année, puis demi-traitement.
8. Après l’épuisement des droits
Plusieurs issues, à anticiper avant d’y être : reprise avec aménagement, temps partiel thérapeutique, changement d’affectation, reclassement, disponibilité d’office pour raison de santé, retraite pour invalidité.
La disponibilité d’office mérite une attention particulière. Placé provisoirement en disponibilité dans l’attente de l’avis du conseil médical, l’agent peut percevoir une indemnité correspondant à ce qu’il touchait à la fin de son dernier congé. Mais dans d’autres configurations, le montant chute nettement. Demandez le calcul par écrit avant la fin de vos droits : c’est le moment où les revenus décrochent le plus brutalement.
9. Modèle : demander le détail du calcul
Objet : Demande d’explication sur ma rémunération pendant mon congé de maladie
Madame, Monsieur,
Je suis en congé de maladie depuis le [date] et je constate une baisse de rémunération sur mon bulletin de [mois] dont je souhaite comprendre le détail.
Je vous remercie de bien vouloir me préciser :
- le type de congé retenu et son fondement ;
- le nombre de jours déjà consommés sur la période de référence de 365 jours, et la date prévisible de passage à demi-traitement ;
- l’application du jour de carence et, le cas échéant, le motif retenu ;
- le sort réservé à mes primes, à la NBI, à l’indemnité de résidence et au supplément familial de traitement, ainsi que la délibération ou le texte appliqué ;
- [si vous êtes contractuel] mon ancienneté retenue, la durée de maintien correspondante et le montant des indemnités journalières déduites.
Je vous remercie également de m’indiquer les démarches à engager si mon état de santé pouvait relever d’un congé de longue maladie, de longue durée ou d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service.
Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de ma considération distinguée.
[Nom, prénom — grade, service, matricule]
Questions fréquentes
Un fonctionnaire est-il payé à 100 % en arrêt maladie ? Non, plus depuis le 1er mars 2025 : 90 % du traitement indiciaire pendant trois mois, puis 50 %.
Y a-t-il un jour de carence ? Oui, un jour par arrêt, sauf prolongation avec reprise de moins de 48 heures, arrêts liés à une même affection de longue durée, CLM, CLD, CITIS et maternité.
Pourquoi suis-je passé à demi-traitement si vite ? Parce que le décompte porte sur les 365 jours glissants précédents. Vos arrêts antérieurs ont consommé vos droits à 90 %.
Mes primes sont-elles maintenues ? Elles suivent le traitement dans la fonction publique d’État, mais dépendent de la délibération de la collectivité dans la territoriale. L’indemnité de résidence et le supplément familial restent à 100 %.
La réforme touche-t-elle le CLM et le CLD ? Non. Et si vous y êtes placé rétroactivement après un congé de maladie ordinaire, vous pouvez réclamer un rappel de 10 % du traitement.
Combien touche-t-on en accident de service ? En CITIS, l’intégralité du traitement indiciaire, sans limitation de durée, avec prise en charge des frais médicaux liés.
Les contractuels ont-ils trois mois à 90 % ? Non. Leur maintien va d’un à trois mois selon leur ancienneté, et les indemnités journalières en sont déduites.
Et sans ancienneté suffisante ? En dessous de quatre mois de services, aucun maintien : seules les indemnités journalières, si les conditions sont réunies.
À retenir
- 90 % du traitement pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois, depuis le 1er mars 2025.
- Un jour de carence par arrêt, avec plusieurs exceptions à faire valoir.
- Le décompte porte sur les 365 jours glissants : demandez-le.
- Les pourcentages ne s’appliquent qu’au traitement indiciaire.
- Indemnité de résidence et supplément familial maintenus à 100 %.
- Primes territoriales : tout dépend de la délibération.
- CLM, CLD et CITIS ne sont pas touchés par la réforme.
- Placement rétroactif en CLM, CLD ou CITIS : rappel de 10 % à réclamer.
- CITIS : traitement intégral, sans durée maximale.
- Contractuels : 1 à 3 mois de maintien selon l’ancienneté, indemnités journalières déduites.
- Moins de 4 mois de services : aucun maintien par l’administration.
- Anticipez la fin des droits : c’est là que le revenu chute.
