Une baisse de salaire après un arrêt maladie s'explique le plus souvent par le fonctionnement normal du dispositif, et non par une erreur. L'employeur déduit d'abord les jours d'absence, puis les indemnités journalières compensent partiellement : elles ne démarrent qu'au 4e jour, représentent 50 % d'un salaire journalier de base plafonné, et supportent 6,70 % de CSG et CRDS. Le complément employeur, lorsqu'il est dû, ne commence qu'au 8e jour et permet d'atteindre 90 % du brut, sous condition d'un an d'ancienneté et dans la limite d'une durée qui se décompte sur douze mois glissants. À cela s'ajoutent les décalages de traitement : indemnités versées après la paie, régularisation le mois suivant, prévoyance différée. Pour comprendre son bulletin, il faut vérifier la période traitée, contrôler la proportionnalité de la retenue pour absence, repérer les lignes d'indemnités et de complément, chercher une régularisation, puis comparer avec ses relevés bancaires. En cas d'anomalie réelle, il faut demander un détail écrit du calcul, le délai pour réclamer un rappel de salaire étant de trois ans.
Arrêt maladie et salaire : pourquoi j’ai moins touché ce mois-ci ?
L’essentiel en 30 secondes
Un salaire réduit après un arrêt maladie n’est pas nécessairement une erreur. Le mécanisme normal produit lui-même une perte, parfois importante.
Trois causes expliquent à elles seules la grande majorité des écarts :
- Les trois jours de carence de la Sécurité sociale, qui ne sont indemnisés par personne, sauf convention collective favorable.
- Les sept jours de carence du complément employeur, qui font que rien ne compense entre le 4e et le 7e jour au-delà des indemnités journalières.
- Le décalage de traitement : les indemnités arrivent souvent après la paie, et la régularisation tombe le mois suivant.
Avant de contester, lisez votre bulletin dans l’ordre indiqué au point 6 : dans un cas sur deux, l’écart s’explique tout seul.
1. Ce qui se passe réellement sur votre paie
L’arrêt maladie ne « remplace » pas votre salaire. Il déclenche une mécanique en trois temps, dont les composantes n’arrivent pas toutes en même temps.
Premier temps : l’employeur retire. Les jours non travaillés sont déduits, sous une ligne intitulée « absence maladie », « retenue pour absence » ou équivalent. C’est cette ligne qui fait peur, car elle est brutale et apparaît toujours en premier.
Deuxième temps : la Sécurité sociale compense partiellement. À partir du 4e jour seulement, et à hauteur de 50 % d’un salaire de référence lui-même plafonné.
Troisième temps : l’employeur complète, parfois. À partir du 8e jour, sous conditions, et seulement pour atteindre 90 % du brut — pas 100 %.
[LA CLÉ POUR COMPRENDRE VOTRE BULLETIN] Ces trois éléments ne figurent pas forcément sur le même bulletin. La retenue est immédiate, les indemnités dépendent du traitement par la caisse, le complément suit. Un mois amputé suivi d’un mois regonflé est le scénario normal, pas l’exception.
2. Les trois jours de carence de la Sécurité sociale
Les indemnités journalières ne commencent qu’au 4e jour d’arrêt. Les trois premiers ne sont indemnisés par personne, sauf si votre convention collective, un accord d’entreprise ou un régime de prévoyance les prend en charge.
EXEMPLE. Arrêt du 1er au 5 avril : les 1er, 2 et 3 avril ne donnent lieu à rien ; seuls les 4 et 5 sont indemnisables.
Sur un arrêt court, cette carence explique souvent la totalité de la baisse. Un arrêt de trois jours peut donc se traduire par une perte sèche de trois jours de salaire.
Bonne nouvelle en cas de prolongation : si votre arrêt est prolongé sans reprise du travail, aucune nouvelle carence n’est appliquée. Elle ne se décompte qu’une fois, au début. De même, en cas d’affection de longue durée, la carence n’est appliquée qu’une seule fois par période de trois ans, et il n’y a aucune carence en accident du travail.
3. Les indemnités ne remplacent que la moitié d’un salaire plafonné
Le taux. L’indemnité journalière correspond à 50 % du salaire journalier de base, obtenu en divisant les trois derniers salaires bruts par 91,25.
Le plafond. Depuis avril 2025, le salaire pris en compte est limité à 1,4 fois le SMIC mensuel. Les montants évoluent à chaque revalorisation du SMIC :
| Arrêts prescrits | Salaire plafond retenu | Indemnité maximale |
|---|---|---|
| Depuis le 1er juillet 2026 | 2 613,82 € brut | 42,97 € brut par jour |
| Du 1er février au 30 juin 2026 | 2 552,24 € brut | 41,95 € brut par jour |
| En janvier 2026 | 2 522,52 € brut | 41,47 € brut par jour |
C’est la date de prescription de votre arrêt qui compte, et non celle du versement. Un arrêt commencé en mai 2026 reste indemnisé au barème de mai, même s’il se poursuit en août.
Conséquence pour les salaires élevés : au-delà d’environ 2 600 € brut, l’indemnisation décroche fortement. Un salarié à 3 500 € brut perçoit 42,97 € par jour là où son salaire journalier réel dépasse 115 €. Sans complément employeur ni prévoyance, la perte dépasse 60 %.
4. Le complément employeur : sept jours de plus à attendre
Le complément légal ne démarre qu’au 8e jour d’arrêt, et sous conditions cumulatives : au moins un an d’ancienneté, arrêt transmis à l’employeur dans les 48 heures, prise en charge par la Sécurité sociale, soins en France ou dans l’Espace économique européen.
Il permet d’atteindre, indemnités comprises, 90 % de la rémunération brute pendant une première période, puis 66,66 % pendant une seconde de même durée. La durée dépend de l’ancienneté :
| Ancienneté | Durée totale |
|---|---|
| 1 à 5 ans | 60 jours (30 à 90 %, puis 30 à 66,66 %) |
| 6 à 10 ans | 80 jours |
| 11 à 15 ans | 100 jours |
| 16 à 20 ans | 120 jours |
| 21 à 25 ans | 140 jours |
| 26 à 30 ans | 160 jours |
| 31 ans et plus | 180 jours |
[DEUX PIÈGES FRÉQUENTS]
- Le décompte se fait sur 12 mois glissants. Si vous avez déjà été indemnisé au cours de l’année écoulée, les jours consommés se déduisent de votre droit. Un salarié qui enchaîne les arrêts peut voir son complément s’épuiser sans comprendre pourquoi.
- 90 % du brut ne veut pas dire 90 % du net. Les indemnités journalières ne supportent pas les cotisations sociales habituelles, seulement la CSG et la CRDS. Selon la façon dont votre convention collective formule le maintien — en brut ou en net —, le résultat final peut varier sensiblement. Un maintien « en net » est nettement plus favorable.
5. Brut, net et impôt : pourquoi vos calculs ne tombent pas juste
Les indemnités journalières sont affichées en brut sur les bulletins et sur votre compte en ligne. Elles supportent 6,70 % de CSG et CRDS.
Une indemnité de 42,97 € brut correspond donc à environ 40,09 € net. Sur dix jours indemnisés, l’écart atteint près de 29 €, ce qui suffit à fausser un calcul mental.
Elles sont par ailleurs imposables et soumises au prélèvement à la source : appliqué par l’employeur si celui-ci pratique la subrogation, par la caisse en cas de versement direct.
6. La méthode : lire son bulletin dans le bon ordre
C’est ici que se trouve la réponse à votre question. Procédez dans cet ordre, chiffres en main.
Étape 1 — Vérifiez la période traitée. Le bulletin porte-t-il sur la totalité de votre arrêt, ou seulement sur une partie ? Un arrêt du 25 mars au 8 avril se répartit sur deux bulletins.
Étape 2 — Contrôlez la retenue pour absence. C’est le point le plus souvent erroné, et le plus facile à vérifier. La retenue doit être strictement proportionnelle à la durée réelle de l’absence. Comparez : nombre de jours ou d’heures retenus, rapporté au nombre de jours ou d’heures du mois.
EXEMPLE. Salaire de 2 000 € brut, arrêt de 10 jours calendaires sur un mois de 30 jours. Avec la méthode du trentième, la retenue est de 2 000 × 10 ÷ 30 = 666,67 €. Si votre employeur retient davantage, ou applique une méthode qui vous désavantage, demandez le détail du calcul.
Étape 3 — Repérez les indemnités journalières. Figurent-elles sur ce bulletin ? Sous quelle forme, brute ou nette ? Pour quelle période ?
Étape 4 — Repérez le complément employeur. Une ligne « maintien de salaire », « complément maladie » ou « garantie du net » apparaît-elle ? Pour combien de jours ?
Étape 5 — Cherchez une ligne de régularisation. Elle peut porter sur le mois précédent et expliquer un écart apparent.
Étape 6 — Comparez avec vos relevés bancaires. Si l’employeur ne pratique pas la subrogation, une partie de votre rémunération arrive séparément, par virement de la caisse. Consultez votre compte en ligne : le paiement peut simplement être décalé.
7. La subrogation : qui reçoit quoi
Sans subrogation, la caisse vous verse directement les indemnités. Votre bulletin affiche donc un salaire amputé, et le complément arrive sur votre compte par un virement distinct, souvent avec plusieurs semaines de décalage.
Avec subrogation, l’employeur perçoit les indemnités à votre place et maintient tout ou partie de votre salaire. C’est plus confortable en trésorerie, mais le bulletin devient difficile à lire : on y voit coexister une retenue pour absence, un maintien, les indemnités brutes, les indemnités nettes, un complément et parfois une régularisation.
Comment savoir laquelle s’applique ? Regardez votre compte en ligne : si les indemnités y figurent comme versées à un tiers, ou si aucun virement de la caisse n’apparaît sur votre compte bancaire alors que le décompte existe, c’est que la subrogation s’applique.
8. Deux exemples chiffrés complets
Arrêt de 10 jours, salaire de 2 000 € brut, 3 ans d’ancienneté, sans convention plus favorable
- Salaire journalier de base : 6 000 ÷ 91,25 = 65,75 €
- Indemnité journalière : 65,75 × 50 % = 32,88 € brut
- Jours 1 à 3 : rien
- Jours 4 à 10 : 7 jours indemnisés, soit 7 × 32,88 = 230,16 € brut (environ 214,74 € net)
- Jours 8 à 10 : complément employeur pour atteindre 90 % du brut, soit environ 26,30 € par jour
- Retenue pour absence : environ 666,67 €
La perte nette se situe autour de 350 à 400 €, l’essentiel provenant des sept premiers jours.
Arrêt de 15 jours, salaire de 3 500 € brut
- Le salaire retenu est plafonné à 2 613,82 €
- Indemnité journalière : 42,97 € brut, le maximum
- 3 jours de carence, 12 jours indemnisés : 12 × 42,97 = 515,64 € brut (environ 481 € net)
- Retenue pour absence : environ 1 750 €
Sans complément employeur ni prévoyance, la perte dépasse 1 200 € pour un seul arrêt de deux semaines. C’est l’effet direct du plafond.
9. Les causes de baisse, par ordre de fréquence
| Cause | Effet | Comment vérifier |
|---|---|---|
| 3 jours de carence | Aucune indemnisation | Comptez les jours : la carence est-elle appliquée une seule fois ? |
| Carence employeur de 7 jours | Rien au-delà des indemnités jusqu’au 8e jour | Vérifiez la convention collective |
| Arrêt court | Peu ou pas d’indemnités | Rien à contester : c’est le régime |
| Plafond des indemnités | Forte baisse au-delà de 2 600 € brut | Comparez au barème du point 3 |
| Décalage de traitement | Régularisation le mois suivant | Cherchez une ligne de régularisation |
| Attestation de salaire non transmise | Aucune indemnité versée | Demandez la date d’envoi à l’employeur |
| Ancienneté insuffisante | Pas de complément légal | Un an d’ancienneté est requis |
| Droits déjà consommés | Complément épuisé | Décompte sur 12 mois glissants |
| Arrêt à cheval sur deux mois | Baisse répartie | Vérifiez la période de chaque bulletin |
| Prévoyance en attente | Versement différé | Consultez la notice et les délais de franchise |
| Retenue mal calculée | Erreur réelle | Refaites le calcul proportionnel |
10. Quand il s’agit vraiment d’une erreur
Certaines anomalies ne s’expliquent pas par la mécanique normale :
- une retenue supérieure à la proportion réelle de l’absence ;
- l’arrêt traité comme une absence injustifiée ;
- plus de trois jours de carence, ou une carence appliquée à chaque prolongation ;
- l’attestation de salaire jamais transmise à la caisse ;
- le maintien conventionnel oublié alors que la convention le prévoit ;
- une ancienneté mal reprise, ou une convention collective erronée ;
- les indemnités jamais régularisées sur les bulletins suivants ;
- la subrogation appliquée alors que vous avez déjà reçu les indemnités directement — ou l’inverse, un double paiement qui donnera lieu à récupération.
Dans ces cas, demandez un détail écrit du calcul, puis une régularisation.
Le délai pour réclamer un rappel de salaire est de trois ans à compter du jour où la somme aurait dû être payée. Vous avez donc le temps de vérifier, mais ne laissez pas s’accumuler plusieurs mois d’écarts : les reconstituer devient vite pénible.
11. Les six questions à poser au service paie
- Quelle période d’arrêt ce bulletin traite-t-il exactement ?
- Combien de jours d’absence ont été retenus, et selon quelle méthode de calcul ?
- Les indemnités ont-elles été versées directement au salarié ou subrogées à l’entreprise ?
- L’attestation de salaire a-t-elle été transmise à la caisse, et à quelle date ?
- Quelle règle de maintien prévoit la convention collective applicable, et combien de jours ai-je déjà consommés sur les douze derniers mois ?
- Une régularisation est-elle prévue sur le bulletin suivant, et pour quel montant ?
Ces six questions couvrent la quasi-totalité des cas. Posez-les par écrit et en une seule fois.
12. Modèle : demander le détail du calcul
Objet : Demande de détail du calcul de ma rémunération du mois de [mois]
Madame, Monsieur,
J’ai été en arrêt de travail du [date] au [date], arrêt que je vous ai transmis le [date].
Après vérification de mon bulletin de paie du mois de [mois], je constate un écart que je souhaite comprendre. Je vous remercie de bien vouloir me préciser :
- la période d’arrêt prise en compte sur ce bulletin ;
- le nombre de jours d’absence retenus et la méthode de calcul de la retenue ;
- le nombre de jours de carence appliqués ;
- le montant brut et net des indemnités journalières prises en compte, et la période qu’elles couvrent ;
- si l’entreprise pratique la subrogation ;
- la date de transmission de l’attestation de salaire à ma caisse ;
- le montant du complément employeur versé et sa base de calcul ;
- la disposition conventionnelle appliquée en matière de maintien de salaire ;
- le nombre de jours déjà indemnisés au cours des douze derniers mois ;
- l’existence d’une régularisation prévue sur le bulletin suivant.
Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom — matricule]
13. Modèle : l’attestation de salaire n’a pas été envoyée
Objet : Attestation de salaire nécessaire au versement de mes indemnités journalières
Madame, Monsieur,
Je suis en arrêt de travail depuis le [date]. À ce jour, ma caisse ne m’a versé aucune indemnité journalière et m’indique ne pas disposer de l’attestation de salaire.
Cette attestation relevant de l’employeur, je vous remercie de bien vouloir me confirmer si elle a été transmise et à quelle date, ou de procéder à son envoi sans délai.
Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom — matricule]
14. Modèle : demander une régularisation
Objet : Demande de régularisation de ma paie du mois de [mois]
Madame, Monsieur,
Après vérification de mon bulletin de paie du mois de [mois], une régularisation me paraît nécessaire au titre de mon arrêt de travail du [date] au [date].
Le point concerné est le suivant : [retenue pour absence supérieure à la durée réelle / indemnités journalières non prises en compte / maintien conventionnel non appliqué / nombre de jours de carence erroné / autre].
À l’appui de cette demande, j’ai relevé : [détaillez votre calcul].
Je vous remercie de bien vouloir réexaminer ce calcul et de m’indiquer le montant de la régularisation ainsi que le bulletin sur lequel elle interviendra.
Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom — matricule]
Questions fréquentes
Pourquoi mon salaire a-t-il baissé alors que j’ai tout transmis dans les délais ? Parce que la mécanique elle-même produit une perte : trois jours de carence de la Sécurité sociale, indemnités limitées à 50 % d’un salaire plafonné, et complément employeur qui ne démarre qu’au 8e jour.
Pourquoi n’ai-je presque rien touché pour un arrêt de trois jours ? Ces trois jours correspondent exactement à la carence. Sauf disposition conventionnelle, ils ne sont indemnisés par personne.
Une nouvelle carence s’applique-t-elle en cas de prolongation ? Non, si vous n’avez pas repris le travail entre les deux. La carence ne se décompte qu’une fois.
Combien la Sécurité sociale verse-t-elle ? 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 42,97 € brut par jour pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026.
Pourquoi le montant reçu est-il inférieur à celui affiché ? Les indemnités sont affichées en brut et supportent 6,70 % de CSG et CRDS. Elles sont en outre imposables.
Pourquoi mon collègue a-t-il été payé à 100 % et pas moi ? Ancienneté différente, convention collective distincte, régime de prévoyance, ou droits déjà consommés au cours des douze derniers mois.
Les indemnités figurent sur mon bulletin mais je ne les ai pas reçues : pourquoi ? Parce que votre employeur pratique la subrogation : la caisse les lui verse, et il maintient votre salaire en contrepartie.
Comment vérifier que la retenue pour absence est juste ? Elle doit être strictement proportionnelle à la durée réelle de l’absence. Rapportez les jours retenus au nombre de jours du mois et comparez.
La caisse n’a rien versé : que faire ? Vérifiez d’abord sur votre compte en ligne si l’attestation de salaire de l’employeur a été reçue. C’est de loin la première cause de blocage.
Combien de temps ai-je pour réclamer ? Trois ans à compter du jour où la somme aurait dû être versée.
À retenir
- La baisse est souvent normale : trois causes suffisent à l’expliquer.
- Les indemnités démarrent au 4e jour, le complément employeur au 8e.
- Une seule carence par arrêt, même en cas de prolongation.
- 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 42,97 € brut depuis le 1er juillet 2026.
- C’est la date de prescription de l’arrêt qui détermine le barème applicable.
- Les indemnités supportent 6,70 % de CSG-CRDS et sont imposables.
- Le complément suppose un an d’ancienneté et se décompte sur douze mois glissants.
- 90 % du brut n’équivaut pas à 90 % du net.
- La retenue pour absence doit être strictement proportionnelle : vérifiez-la.
- Sans subrogation, une partie de votre rémunération arrive séparément de la paie.
- L’attestation de salaire manquante est la première cause de non-versement.
- Un arrêt à cheval sur deux mois affecte deux bulletins.
- Trois ans pour réclamer un rappel de salaire.
