Arrêt maladie longue durée : durée d’indemnisation et fin de droits

L'indemnisation d'un arrêt maladie est plafonnée : 360 indemnités journalières sur une période glissante de trois ans en maladie ordinaire, trois ans pour une même affection de longue durée, et sans aucune limite lorsque l'arrêt résulte d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle, les indemnités étant alors versées jusqu'à guérison ou consolidation. Au-delà de six mois, les conditions d'ouverture des droits se durcissent et le médecin-conseil examine régulièrement la justification de l'arrêt. Le revenu diminue par paliers, à mesure que s'épuisent le complément employeur puis, le cas échéant, les garanties de prévoyance. Point essentiel : l'épuisement des indemnités ne met pas fin à l'arrêt, de sorte que le salarié peut se retrouver avec un contrat suspendu, sans salaire ni indemnité. Il faut donc préparer la suite bien avant la notification de fin de droits : reprise éventuellement en temps partiel thérapeutique, aménagement du poste, pension d'invalidité si la capacité de travail est réduite d'au moins deux tiers, ou relais de la prévoyance. L'invalidité, décidée par le médecin-conseil, ne doit pas être confondue avec l'inaptitude, que seul le médecin du travail peut constater, et elle ne rompt pas le contrat de travail.

Arrêt maladie longue durée : combien de temps peut-on être indemnisé ?

L’essentiel en 30 secondes

L’indemnisation n’est pas illimitée, et les règles diffèrent selon l’origine de l’arrêt.

Situation	Durée maximale d’indemnisation
Maladie ordinaire	360 indemnités journalières sur 3 ans
Affection de longue durée	3 ans pour la même affection
Accident du travail ou maladie professionnelle	Aucune limite : jusqu’à guérison ou consolidation

Et le point que presque personne n’anticipe : la fin des indemnités ne met pas fin à l’arrêt de travail. Votre contrat reste suspendu, sans salaire et sans indemnités, tant qu’aucune solution n’a été organisée. C’est ce trou noir qu’il faut éviter — nous y revenons au point 7.

Ne réagissez pas à la notification : anticipez-la. Au troisième mois d’arrêt, vous devriez déjà savoir combien d’indemnités il vous reste.

1. Maladie ordinaire : 360 jours sur 3 ans

Si votre arrêt n’est pas lié à une affection de longue durée, vous pouvez percevoir au maximum 360 indemnités journalières sur une période de trois ans.

Cette période de trois ans est glissante : elle se calcule de date à date, en remontant depuis le jour considéré. Le plafond ne concerne donc pas un seul arrêt, mais l’ensemble des arrêts indemnisés sur cette fenêtre.

EXEMPLE. 40 jours indemnisés en 2024, 120 en 2025, 200 en 2026 : vous atteignez 360 et vos droits sont épuisés, même si votre arrêt en cours reste médicalement justifié.

Ce sont les jours indemnisés qui comptent, pas les jours d’arrêt. Les trois jours de carence de chaque arrêt ne s’imputent pas sur le compteur. Un salarié multipliant les arrêts courts consomme donc moins vite son capital qu’il ne le croit — mais il perd davantage financièrement, chaque arrêt supportant sa propre carence.

Le réflexe à avoir : demandez à votre caisse le décompte exact des indemnités déjà versées avant que la question ne se pose. C’est une information que vous pouvez obtenir à tout moment, et elle conditionne tout le reste.

2. Affection de longue durée : 3 ans pour la même affection

Lorsque l’arrêt est lié à une affection de longue durée reconnue, la règle change : l’indemnisation peut se poursuivre pendant trois ans, décomptés de date à date à partir du premier jour d’arrêt lié à cette affection.

Sont concernées les maladies graves ou chroniques nécessitant un traitement prolongé : cancers, affections neurologiques, pathologies psychiatriques longues, maladies chroniques invalidantes.

[UNE CONFUSION À ÉVITER] Être en arrêt long ne signifie pas être en affection de longue durée. La reconnaissance obéit à une procédure propre, avec un protocole de soins établi par le médecin traitant et validé par le médecin-conseil.

Vérifiez sur votre compte en ligne ou auprès de votre caisse sous quel régime votre arrêt est traité. L’écart entre 360 jours et trois ans est considérable, et un arrêt susceptible de relever d’une affection de longue durée mais non reconnu comme telle vous fait perdre des droits.

Peut-on rouvrir des droits ? Oui, mais pas automatiquement. Une nouvelle période de trois ans suppose une reprise effective du travail pendant au moins un an. Une reprise plus courte ne suffit pas à reconstituer des droits complets sur la même affection.

3. Accident du travail et maladie professionnelle : pas de limite

C’est la différence la plus importante, et elle est trop rarement signalée dans une fiche consacrée à la durée.

Lorsque l’arrêt résulte d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, aucune durée maximale d’indemnisation n’est fixée. Les indemnités journalières sont versées jusqu’à la guérison complète ou la consolidation de l’état, c’est-à-dire jusqu’au moment où les lésions se stabilisent.

S’y ajoutent des taux plus favorables — 60 % du salaire journalier de référence les vingt-huit premiers jours, puis 80 % — et l’absence de carence.

D’où l’enjeu, lorsque la pathologie peut avoir une origine professionnelle, d’en demander la reconnaissance sans attendre.

4. Le cap des six mois

Au-delà de six mois d’arrêt continu, deux choses changent.

Les conditions d’ouverture des droits se durcissent. Il ne suffit plus d’avoir travaillé 150 heures sur trois mois. Il faut, à la date de l’arrêt :

être affilié depuis au moins 12 mois ;
et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois précédents, ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 2 030 fois le SMIC horaire.

Un salarié récemment embauché, en contrats courts ou avec des périodes d’inactivité doit vérifier ce point sans attendre : c’est là que les mauvaises surprises surviennent.

Le suivi médical s’intensifie. Le médecin-conseil examine si l’arrêt reste justifié, si une reprise même partielle est envisageable, si un temps partiel thérapeutique conviendrait, ou si une invalidité doit être étudiée.

Répondez toujours aux convocations. Une absence non justifiée à un examen du service médical suffit à faire suspendre les indemnités, indépendamment de la réalité de votre état de santé.

5. Ce que vous percevez, et pourquoi cela baisse avec le temps

Les indemnités journalières représentent 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les trois derniers salaires bruts divisés par 91,25, avec un plafond.

Arrêts prescrits	Indemnité maximale
Depuis le 1er juillet 2026	42,97 € brut par jour
De février à juin 2026	41,95 € brut par jour
En janvier 2026	41,47 € brut par jour

C’est la date de prescription de l’arrêt qui détermine le barème, pas celle du versement. Ces montants sont bruts : ils supportent 6,70 % de CSG et CRDS et sont imposables.

EXEMPLE. À 2 000 € brut mensuels, l’indemnité journalière ressort à 32,88 € brut, soit environ 986 € brut pour un mois de 30 jours indemnisés. À 3 500 € brut, le plafond s’applique : 42,97 € par jour, soit 1 289 € brut sur le mois — pour un salaire habituel de 3 500 €.

Pourquoi votre revenu diminue par paliers. C’est la mécanique la plus déroutante d’un arrêt long :

Les premières semaines, indemnités et complément employeur se cumulent, avec un maintien pouvant atteindre 90 % du brut.
Puis le complément passe à 66,66 %, à l’issue de la première période.
Puis il s’arrête, sa durée totale dépendant de votre ancienneté — de 60 jours pour un à cinq ans d’ancienneté, à 180 jours au-delà de trente et un ans.
La prévoyance prend le relais, si l’entreprise en a une et si les conditions sont réunies.
Il ne reste que les indemnités, tant que les droits ne sont pas épuisés.

Un piège à connaître : la durée du complément employeur se décompte sur 12 mois glissants. Si vous avez déjà été indemnisé dans l’année écoulée, les jours consommés se déduisent de votre droit — et le palier 3 arrive plus vite que prévu.

6. La prévoyance : le document à réclamer en priorité

Sur un arrêt long, c’est souvent la prévoyance qui fait la différence entre une perte supportable et une chute brutale de revenu.

Réclamez la notice d’information du contrat collectif à votre employeur. Elle précise le niveau de maintien — 80, 90 ou 100 % —, la franchise avant prise en charge, la durée maximale, les conditions d’ancienneté, les exclusions et les justificatifs à fournir.

Deux points de vigilance. La prévoyance ne se déclenche pas toujours automatiquement : une déclaration de l’employeur ou une démarche de votre part est souvent nécessaire, et un oubli peut coûter plusieurs mois. Et elle intervient généralement après épuisement du complément employeur, ce qui suppose de connaître la date de cet épuisement.

7. Fin des droits : le point le plus mal compris

[À RETENIR] La fin des indemnités journalières ne met pas fin à votre arrêt de travail.

Votre médecin peut continuer de prescrire des arrêts, votre contrat reste suspendu — vous ne travaillez pas, l’employeur ne vous doit pas de salaire —, mais plus aucune indemnité n’est versée.

C’est une situation sans revenu, et elle peut durer. C’est précisément pour l’éviter qu’il faut anticiper.

Les issues possibles, qu’il faut préparer avant d’y arriver :

une reprise du travail, éventuellement en temps partiel thérapeutique ;
un aménagement du poste préconisé par le médecin du travail ;
une pension d’invalidité, si la capacité de travail est durablement réduite ;
la prévoyance, si elle prend le relais ;
un avis d’inaptitude, ouvrant reclassement puis, à défaut, licenciement ;
selon les cas, l’ouverture de droits auprès de France Travail ou de dispositifs de solidarité.

La fin des indemnités n’entraîne pas le licenciement. Mais elle impose de choisir une direction.

8. La pension d’invalidité : comment cela fonctionne

C’est la principale issue d’un arrêt long, et le mécanisme mérite d’être connu avant d’y être confronté.

La condition : votre capacité de travail ou de gain doit être réduite d’au moins deux tiers. L’appréciation relève du médecin-conseil.

Trois catégories, aux effets très différents :

Catégorie	Situation	Montant de la pension
1re	Capable d’exercer une activité rémunérée	30 % du salaire annuel moyen
2e	Incapable d’exercer une profession quelconque	50 % du salaire annuel moyen
3e	Idem, avec besoin d’assistance d’une tierce personne	50 % plus une majoration

Le salaire annuel moyen est calculé sur vos dix meilleures années de salaire, dans la limite du plafond de la Sécurité sociale.

Qui déclenche ? La caisse peut le proposer d’elle-même, en général à l’approche de la fin des droits ou après stabilisation de votre état. Vous pouvez aussi le demander.

[LA CONFUSION LA PLUS COÛTEUSE] L’invalidité et l’inaptitude sont deux choses distinctes.

L’invalidité est décidée par le médecin-conseil de l’Assurance maladie : elle concerne vos droits sociaux et le versement d’une pension.

L’inaptitude est constatée par le médecin du travail : elle concerne votre capacité à occuper votre poste dans l’entreprise.

Une pension d’invalidité, même en deuxième catégorie, ne rompt pas le contrat de travail et n’entraîne pas automatiquement l’inaptitude. L’employeur qui licencierait au seul motif d’un classement en invalidité commettrait une discrimination. Il doit organiser une visite de reprise, et c’est le médecin du travail — lui seul — qui se prononcera sur l’aptitude.

Pour contester une décision relative à l’invalidité, saisissez la commission de recours amiable de votre caisse dans le délai de deux mois indiqué sur la notification.

9. Préparer la reprise : les deux visites à connaître

La visite de préreprise peut être demandée dès que l’arrêt dépasse 30 jours, par vous-même, votre médecin traitant, le médecin-conseil ou le médecin du travail. Elle sert à préparer le retour : aménagement du poste, reprise progressive, temps partiel thérapeutique, reclassement, formation.

Sur un arrêt long, c’est le meilleur outil pour éviter une reprise ratée. Ne l’attendez pas : demandez-la.

La visite de reprise est obligatoire après 60 jours d’arrêt pour maladie non professionnelle, 30 jours pour accident du travail, toute maladie professionnelle et tout congé maternité. Elle est organisée par l’employeur, le jour de la reprise ou dans les 8 jours calendaires suivants.

Point essentiel : c’est cette visite qui met fin à la suspension du contrat. Tant qu’elle n’a pas eu lieu, votre absence n’est pas fautive.

10. Le temps partiel thérapeutique, souvent la meilleure sortie

Après un arrêt long, le retour à temps plein est fréquemment prématuré. Le temps partiel thérapeutique permet une reprise progressive : vous percevez le salaire du temps travaillé, complété par des indemnités.

Mais attention à la durée. Les indemnités versées à ce titre sont plafonnées à quatre ans à compter du premier jour d’indemnisation, arrêt maladie compris. Un salarié ayant déjà consommé trois ans d’indemnités pendant son arrêt ne dispose donc plus que d’un an. Cette limite ne s’applique pas après un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Il suppose une prescription médicale, l’accord de l’employeur sur l’organisation et celui du médecin-conseil sur l’indemnisation.

11. La nouvelle limite de durée des prescriptions

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 plafonne, pour les arrêts prescrits à compter du 1er septembre 2026, la durée de chaque prescription :

31 jours pour la première prescription ;
62 jours pour chaque prolongation.

Ce que cela ne change pas : la durée totale de votre arrêt n’est pas limitée. Le médecin peut renouveler autant que nécessaire, et déroger au plafond si votre état le justifie, en indiquant le motif.

Ce que cela change : sur un arrêt long, vous devrez consulter plus souvent. Le risque n’est pas de perdre vos droits mais de subir une rupture d’indemnisation si un renouvellement arrive en retard. Anticipez systématiquement le rendez-vous suivant.

Les arrêts en cours au 1er septembre 2026 ne sont pas affectés, et le dispositif ne s’applique pas à Mayotte.

12. Licenciement et congés payés pendant un arrêt long

Le licenciement reste possible, mais jamais en raison de l’état de santé, qui serait discriminatoire. Un motif distinct est exigé : faute, motif économique, inaptitude, ou absence prolongée désorganisant l’entreprise et imposant un remplacement définitif en contrat à durée indéterminée.

En accident du travail ou maladie professionnelle, la protection est renforcée : pendant la suspension du contrat, seules une faute grave ou l’impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident permettent la rupture, à défaut de quoi elle est nulle.

Les congés payés continuent de s’acquérir : 2 jours ouvrables par mois en maladie non professionnelle, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence à ce titre, et 2,5 jours par mois en accident du travail ou maladie professionnelle. Les jours non pris à cause de l’arrêt sont reportés, en principe pendant 15 mois.

Sur un arrêt de plusieurs années, cela représente un capital de congés non négligeable, payé en indemnité compensatrice si le contrat prend fin.

13. Le calendrier à suivre

Au 3e mois

Demandez à votre caisse le décompte des indemnités déjà versées et le régime appliqué.
Vérifiez si votre pathologie peut relever d’une affection de longue durée.
Réclamez la notice de prévoyance à votre employeur.
Vérifiez où vous en êtes du complément employeur.
Demandez une visite de préreprise si le retour s’annonce difficile.

Au 6e mois

Faites le point avec la caisse sur la poursuite de l’indemnisation.
Prenez contact avec le service social de l’Assurance maladie : il est gratuit, méconnu, et c’est son métier d’anticiper ces situations.
Rencontrez le médecin du travail.
Faites une simulation financière des différentes issues.
Évoquez avec votre médecin traitant l’hypothèse d’une invalidité.

Six mois avant la fin des droits

Sollicitez un examen de votre situation par le médecin-conseil.
Instruisez la demande de pension d’invalidité si elle est envisageable.
Vérifiez la prise de relais de la prévoyance.
Organisez avec le médecin du travail les conditions d’une reprise aménagée.

14. Les erreurs à éviter

Croire l’indemnisation illimitée.
Attendre la notification de fin de droits pour réagir.
Ignorer une convocation du médecin-conseil.
Ne pas vérifier si l’arrêt relève d’une affection de longue durée.
Ne pas réclamer la notice de prévoyance.
Confondre invalidité et inaptitude.
Croire qu’une invalidité met fin au contrat de travail.
Reprendre trop tôt et sans aménagement, au risque de la rechute.
Laisser expirer le délai de recours contre une décision de la caisse.
Rester seul face à un arrêt qui se prolonge.

15. Modèles de courrier

Connaître ses droits restants

Objet : État de mes droits aux indemnités journalières

Madame, Monsieur,

Je suis en arrêt de travail depuis le [date] et souhaite anticiper la suite de mon indemnisation.

Je vous remercie de bien vouloir me préciser :

le nombre d’indemnités journalières déjà versées et la période de référence retenue ;

si mon arrêt est traité au titre d’une maladie ordinaire ou d’une affection de longue durée ;

la date prévisible d’épuisement de mes droits ;

les conditions de poursuite de l’indemnisation au-delà de six mois ;

les démarches à engager si une pension d’invalidité devait être étudiée.

Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom] [Numéro de sécurité sociale]

Demander le détail du maintien de salaire

Objet : Maintien de salaire pendant mon arrêt de travail

Madame, Monsieur,

Je suis en arrêt de travail depuis le [date] et souhaite connaître les règles de maintien de salaire appliquées à ma situation.

Je vous remercie de me préciser :

la convention collective applicable et son article relatif à la maladie ;

la durée de maintien déjà consommée et celle restant à courir ;

le niveau de maintien appliqué et son mode de calcul ;

le montant des indemnités journalières prises en compte et l’existence d’une subrogation ;

l’existence d’un contrat de prévoyance, dont je vous remercie de me transmettre la notice, ainsi que les démarches déjà engagées auprès de l’organisme.

Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom — matricule]

Contester une fin d’indemnisation

Objet : Contestation de la décision du [date] mettant fin au versement de mes indemnités journalières

Madame, Monsieur,

J’ai reçu le [date] une notification m’informant de la fin du versement de mes indemnités journalières à compter du [date]. Je conteste cette décision.

Je vous remercie de bien vouloir me communiquer :

le motif précis de la décision ;

le décompte détaillé des indemnités versées et la période de référence retenue ;

l’avis médical ou administratif sur lequel la décision est fondée ;

les voies et délais de recours.

Vous trouverez ci-joint les éléments médicaux justifiant la poursuite de mon arrêt : [liste des pièces].

Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom] [Numéro de sécurité sociale]

Demander une visite de préreprise

Objet : Demande de visite de préreprise

Madame, Monsieur,

Je suis en arrêt de travail depuis le [date], soit depuis plus de trente jours.

Afin de préparer mon retour dans de bonnes conditions et d’anticiper les aménagements éventuellement nécessaires — poste, horaires, reprise progressive, temps partiel thérapeutique —, je souhaite bénéficier d’une visite de préreprise auprès du médecin du travail.

Je vous remercie de transmettre ma demande au service de prévention et de santé au travail, ou de m’indiquer la marche à suivre.

Je vous prie d’agréer, Madame, Monsieur, l’expression de mes salutations distinguées.
[Nom, prénom — matricule]

Questions fréquentes

Combien de temps peut-on toucher des indemnités journalières ? 360 indemnités journalières sur une période de trois ans en maladie ordinaire, trois ans en affection de longue durée pour la même affection, et sans limite après un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Comment se calcule la période de trois ans ? De date à date, en remontant depuis le jour considéré. Elle est glissante, et englobe tous vos arrêts indemnisés.

Les jours de carence comptent-ils ? Non. Seules les indemnités effectivement versées s’imputent sur le plafond de 360.

Que se passe-t-il au bout de six mois ? Les conditions d’ouverture des droits se durcissent — douze mois d’affiliation et 600 heures travaillées — et le suivi par le médecin-conseil s’intensifie.

Peut-on rouvrir des droits après trois ans en affection de longue durée ? Oui, après une reprise effective du travail d’au moins un an.

La caisse peut-elle arrêter les indemnités avant la fin de l’arrêt prescrit ? Oui, si le médecin-conseil estime que l’arrêt n’est plus justifié, ou si les conditions administratives ne sont plus réunies.

Que se passe-t-il quand mes droits sont épuisés ? L’arrêt peut continuer, mais sans indemnité ni salaire : le contrat reste suspendu. D’où l’importance d’avoir préparé une issue — reprise, temps partiel thérapeutique, invalidité, prévoyance.

Quand puis-je demander une pension d’invalidité ? Lorsque votre capacité de travail ou de gain est réduite d’au moins deux tiers. La caisse peut le proposer, vous pouvez aussi le demander.

Combien représente cette pension ? 30 % du salaire annuel moyen en première catégorie, 50 % en deuxième, 50 % assortis d’une majoration en troisième. Le salaire annuel moyen est calculé sur les dix meilleures années.

L’invalidité met-elle fin à mon contrat ? Non, même en deuxième catégorie. Seul le médecin du travail peut se prononcer sur l’aptitude, à l’occasion d’une visite de reprise.

La prévoyance complète-t-elle automatiquement ? Non. Tout dépend du contrat collectif, et une démarche est souvent nécessaire pour déclencher la prise en charge.

Puis-je être licencié pendant un arrêt long ? Pas en raison de la maladie. Un motif distinct est exigé, et la protection est renforcée en accident du travail ou maladie professionnelle.

À retenir

360 indemnités journalières sur trois ans glissants en maladie ordinaire.
Trois ans pour une même affection de longue durée.
Aucune limite après un accident du travail ou une maladie professionnelle.
Les jours de carence ne s’imputent pas sur le plafond.
Au-delà de six mois : douze mois d’affiliation et 600 heures travaillées exigés.
Indemnité plafonnée à 42,97 € brut par jour depuis le 1er juillet 2026.
Le complément employeur se décompte sur douze mois glissants.
Réclamez la notice de prévoyance dès le troisième mois.
La fin des indemnités ne met pas fin à l’arrêt : le contrat reste suspendu, sans revenu.
Invalidité : capacité réduite d’au moins deux tiers, trois catégories, 30 ou 50 % du salaire annuel moyen.
Invalidité et inaptitude sont deux choses distinctes.
Une invalidité, même de deuxième catégorie, ne rompt pas le contrat.
Deux mois pour contester une décision de la caisse.
Demandez la visite de préreprise dès le premier mois si le retour s’annonce difficile.
Le service social de l’Assurance maladie est gratuit : sollicitez-le.